Personalmente, cuando algún jugador falta a la mesa no me gusta continuar con la trama principal, porque básicamente se la pierde. Para evitar el tema, a mi me gusta desarrollar una partidita a parte. Somos 3 jugadores y DM, si falta un jugador, hago un encuentro con nuevos personajes temporales (diseñados por mi a posta para la ocasión) y hago una trama simple en plan "ve de A a B" con mucha sangre, o mucha inteligencia para resolver puzzles, o con mucha oratoria... todo según se haya acordado anteriormente con los jugadores. Entonces lo que ocurra en esta misioncilla a parte, podrá influir notablemente en la trama.
A continuación te dejo un ejemplo muy simple que te esclarecerá mi "modus ludendi":
Un jugador faltó en una ocasión donde la trama estaba llegando al clímax. La guerra había estallado, las tropas de los enemigos se cernían sobre la última fortaleza que los separaba del control total de la región... Entonces, 2 clérigos habían sido enviados a encontrar un antiguo campanario, en cuyo fuero interno residía un poder único para poder contrarestar a las fuerzas del mal... esos dos personajes temporales debían llegar hasta la campana (pero no sabían qué debían hacer exactamente). Cuando llegaron (tras superar numerosos puzzles), se encontraron con que un samurai de nivel 7 no muerto les impedía el paso. Ahí se les planteó la gran duda. El samurai decía que tenía que proteger a la campana de ser destruída por el mal, porque sólo si estaba en pié podía parar al mal, pero a los clérigos les habían dicho todo lo contrario. Así que tenían que tomar una decisión que influiría en la trama principal... Al final decidieron destruirla y esa era la opción mala, con lo que la fortaleza, finalmente, fue destruída. Si no hubieran destrozado la campana, les habría dado muchos más recursos para la defensa, pero como se equivocaron, no tuvieron nada extra.
Y así es, más o menos, como yo me lo monto. Espero que te sirva.